1、學校現有第一臨床醫學院北京中醫藥大學東直門醫院第二臨床醫學院北京中醫藥大學東方醫院第三臨床醫學院北京中醫藥大學第三附屬醫院 3家直屬附屬醫院和國醫堂中醫門診部近年來北京中醫藥大學東方醫院醫療水平(今天/掛號資訊)，學校遵循“引導醫療衛生工作重心下移資源下沉。

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3、北京中醫藥大學東方醫院 北京中醫藥大學東方醫院位于豐臺區靛廠路11號，是一所綜合性三級甲等中醫醫院該院擁有一支高水平的專業醫療團隊和一流的醫療設備，開展中西醫結合診療中醫養生康復護理等服務醫院注重科學。

4、醫院設有臨床醫技科室38個，國家衛計委臨床重點專科中醫建設項目6個，分別是腦病科心血管科婦科肺病科脾胃病科護理學，同時是衛生部國家腦卒中篩查與防治基地國家中醫藥管理局重點專科項目14個，分別是腦病科。