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首都兒科研究所的前身是中國醫學科學院兒科研究所，成立于1958年，是新中國第一家以研究兒童保健兒科疾病為重點，兼有醫療教學和預防任務的應用醫學研究機構1983年歸屬北京市衛生局并在中國醫學科學院腫瘤醫院舊址上組建。

首都兒科研究所原中國醫學科學院兒科研究所呼吸研究室科創建于1958年，1960年成立呼吸病房，1975年發展呼吸專業并建立呼吸功能室，并開展急性呼吸衰竭的呼吸器治療，1980年成立哮喘專業門診，1984年開展反復呼吸道感染R。

經了解，在北京，兒童醫院就診的等候時間常常多達七八個小時，要看專家號往往凌晨三四點就得去排隊北京兒童醫院日門診量高峰時段已經破萬，首都兒科研究所附屬兒童醫院的病人量也已飽和與此形成鮮明對比的是，許多大型綜合性醫院的兒科日門。

首都兒科研究所前身是中國醫學科學院兒科研究所，成立于1958年，是新中國第一家以研究兒童保健兒科疾病為重點，兼有醫療教學和預防任務的應用醫學研究機構研究所先后10次獲得北京市屬科研院所“改革與發展”一等獎，18次。