此外首都兒科研究所代幫掛號，良心辦事實力掛號，兒研所承擔著國家國際組織和國際間首都兒科研究所代幫掛號，良心辦事實力掛號的多邊合作以及科技部國家衛健委北京市衛健委市科委等一系列關系到兒童保健兒科常見病和罕見病等重大研究項目，課題具有前瞻性科學性和指導性一批優秀研究項目先后獲獎。

上世紀90年代以來，首都兒科研究所先后8次獲得北京市屬科研院所“改革與發展”一等獎，15次獲得首都及衛生系統“文明單位”首都兒科研究所代幫掛號，良心辦事實力掛號的稱號50年來，經過幾代人艱苦卓絕的不懈奮斗，目前，首都兒科研究所已發展成為集兒科基礎醫學臨床。

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