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首都醫科大學現有附屬醫院20家，分別是首都醫科大學宣武醫院第一臨床醫學院首都醫科大學附屬北京友誼醫院第二臨床醫學院首都醫科大學附屬北京朝陽醫院第三臨床醫學院首都醫科大學附屬北京同仁醫院第四臨床醫學院。