醫院設有臨床醫技科室38個，國家衛計委臨床重點專科中醫建設項目6個，分別是腦病科心血管科婦科肺病科脾胃病科護理學，同時是衛生部國家腦卒中篩查與防治基地國家中醫藥管理局重點專科項目14個，分別是腦病科。

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北京中醫藥大學第三附屬醫院電話01025 地址北京市朝陽區安定門外小關街51號 所屬地區朝陽區 北京中醫藥大學東方醫院電話01074，01033 地址北京豐臺區方莊芳星園一區6號 所屬地區豐臺區。

分三個校區，校本部在西校區北三環，東校區在望京 附屬醫院北京中醫藥大學附屬護國寺中醫醫院 北京中醫藥大學東方醫院 北京中醫藥大學附屬鼓樓醫院 北京中醫藥大學附屬東直門醫院 北京中醫藥大學第三附屬醫院原北京冶金醫院。

東直門醫院是北中醫的老牌附屬醫院，資歷和中醫傳統都比較老，東方醫院屬于后起之秀，都很好皮膚推薦去東直門醫院。