2000年7月31日原北京中醫藥大學與原北京針灸骨傷學院合并，組成新的北京中醫藥大學，并成為直屬國家教育部管理的重點大學 學校現設有基礎醫學院 第一臨床醫學院第二臨床醫學院第三臨床醫學院中藥學院針灸學院管理學院護理。

北京中醫藥大學東方醫院以下簡稱東方醫院于1999年12月12日正式開業，是北京中醫藥大學第二臨床醫學院國家中醫藥管理局直管單位首批國家中醫臨床研究基地首批國家衛健委腦卒中篩查與防治基地北京市醫療保險定點醫院東方。

東直門醫院是北中醫的老牌附屬醫院，資歷和中醫傳統都比較老，東方醫院屬于后起之秀，都很好皮膚推薦去東直門醫院。

東方醫院是北京中醫藥大學附屬醫院，于1999年12月開業是衛生部國家中醫藥管理局直屬單位，是全國三級甲等中醫醫院全國示范中醫醫院全國中醫腦病中心，全國中醫急癥中心和國家教育部重點學科中醫內科基地是北京市醫療保險。

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北京中醫藥大學附屬第二醫院現更名為北京中醫藥大學東方醫院 地址北京市豐臺區方莊芳星園一區6號 行車路線外地患者火車站路線從北京站出發，乘坐122路在芳城園下車，乘25路434路在方莊環島南下車，步行至醫院從北京。