首都兒科研究所前身是中國醫學科學院兒科研究所，成立于1958年，是新中國第一家以研究兒童保健兒科疾病為重點，兼有醫療教學和預防任務的應用醫學研究機構。

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此外，兒研所承擔著國家國際組織和國際間的多邊合作以及科技部國家衛健委北京市衛健委市科委等一系列關系到兒童保健兒科常見病和罕見病等重大研究項目，課題具有前瞻性科學性和指導性一批優秀研究項目先后獲獎。

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1992年成立哮喘防治教育中心首都兒科研究所呼吸科目前為我院重點科室19861988年在國際兒童基金會UNECF資助下，在分布于我國南北中部的社區進行了大規模的小兒肺炎流行病學的調查，并引用WTO的病歷管理方法結合。