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CT主要通過骨頭肌肉和脂肪之間不同的對比度來診斷，同時分辨率很高，是最常用的的診斷方式，可以看成是三維版本的胸透，但缺點是輻射劑量很高MRI的成像原理完全不同于CT，MRI對軟組織的對比度相當(dāng)好，所以常被用來做腦。

CT對顱內(nèi)腫瘤的診斷價值較高，腫瘤的占位改變，可顯示腫瘤的位置與形態(tài)，及內(nèi)部出血鈣化囊液及脂質(zhì)等變化對腦外傷或其他原因出血形成的血腫，CT掃描常能發(fā)現(xiàn)，并可觀察血腫的位置，形態(tài)和演變過程。

其次，二者的檢查側(cè)重范圍不一樣，磁共振對于軟組織滑膜血管神經(jīng)肌肉肌腱韌帶和透明軟骨的分辨率高而CT在觀察骨頭肺出血等方面比較有優(yōu)勢二者在檢查上，在臨床上可以做到優(yōu)勢互補磁共振是沒有輻射的。